Платникам податку, які застосовують спеціальний режим оподаткування, визначений статтею 209 Податкового кодексу України від 02.12.2010 № 2755-VI зі змінами та доповненнями (далі – ПКУ), у системі електронного адміністрування податку відкривається єдиний електронний рахунок для обліку сум податку як в межах діяльності, визначеної статтею 209 ПКУ, так і у межах іншої діяльності.
Для кожного платника податку Казначейством відкрито один електронний рахунок. 
Протягом дії системи електронного адміністрування ПДВ у тестовому режимі платники податку самостійно зараховують на такі електронні рахунки кошти з власних поточних рахунків, відкритих у банківських установах, у сумах, необхідних для сплати до бюджету узгоджених податкових зобов'язань з цього податку, задекларованих ними в податковій звітності з ПДВ.
З 1 липня 2015 року (або з дати, визначеної в окремому рішенні Верховної Ради України про скорочення перехідного періоду) на рахунки в системі електронного адміністрування ПДВ платники податку зараховують також кошти у сумах, необхідних для збільшення розміру суми, що обчислюється відповідно до пункту 2001.3 статті 2001 Кодексу та надає право для реєстрації в ЄРПН податкових накладних/розрахунків коригування.
Поповнення електронного рахунка платника ПДВ за рахунок інших джерел, наприклад, з поточних рахунків інших осіб, не передбачено.
Кошти з електронного рахунку платника ПДВ перераховуються Казначейством в автоматичному режимі до бюджету та/або на рахунок, відкритий у банку та/або органі Казначейства сільськогосподарськими підприємствами – суб’єктами спеціального режиму оподаткування, визначений статтею 209 ПКУ (далі – спецрежим), для акумулювання сум податку, що нараховуються на вартість поставлених ними сільськогосподарських товарів (послуг), у порядку, передбаченому статтею 209 ПКУ (далі – спеціальні рахунки). Таке перерахування коштів здійснюється на підставі реєстрів платників ПДВ, який автоматично формується ДФС та надсилається Казначейству.
Відповідно до пункт 22 Порядку електронного адміністрування податку на додану вартість, затвердженого Постановою Кабінету Міністрів України від 16.10.2014 №569 із змінами і доповненнями (далі – Порядок №569), у випадку, якщо платником податку, який застосовує спеціальний режим, за результатами звітного періоду задекларовано суми податку, які підлягають сплаті як до бюджету, так і на його спеціальний рахунок, кошти з його електронного рахунку, у першу чергу, перераховуються до бюджету, а у разі повного розрахунку з бюджетом - на спеціальний рахунок такого платника.
Таке перерахування здійснюється на підставі реєстру, який автоматично формується ДФС України на підставі поданих платниками податкових декларацій з ПДВ та надсилається Казначейству. Перерахування суми податку до бюджету та/або на спеціальні рахунки платників податку з їх електронних рахунків здійснюється Казначейством в межах залишку таких коштів на електронних рахунках (пункт 21 Порядку № 569).

Для забезпечення в умовах дії системи електронного адміністрування ПДВ спрямування сум ПДВ на підтримку власного виробництва суб'єкти спеціального - платники ПДВ повинні надати контролюючому органу за місцем своєї реєстрації платником ПДВ інформацію про реквізити поточного рахунку, на який має бути перерахована відповідна сума з електронного рахунку такого платника, та актуалізувати такі дані у разі зміни реквізитів поточного рахунку.
Крім того, відповідно до пп.10 п. 5 розділу V Порядку заповнення і подання податкової звітності з податку на додану вартість, затвердженого наказом Міністерства фінансів України 23 вересня 2014 року № 966 (у редакції наказу Міністерства фінансів України від 23 січня 2015 року № 13) у рядку 25.1 та/або у р.25.2 розділу III декларацій з ПДВ вказується сума податку на додану вартість, яка підлягає нарахуванню за підсумками поточного звітного (податкового) періоду та:
- сплачується до загального фонду державного бюджету - рядок 25.1 декларації 0110;
- спрямовується на спеціальний рахунок сільськогосподарського підприємства, - рядок 25.2 декларації 0121 - 0123;
- залишається у розпорядженні сільськогосподарського підприємства - рядок 25.2 декларації 0130.
При заповненні рядка 25.2 декларації 0121 - 0123, 0130 обов'язковим є заповнення поля декларації "**** Реквізити спеціального рахунку" (№ рахунку, дані банку/органу, в якому відкрито рахунок, ЄДРПОУ та МФО банку/органу, в якому відкрито рахунок,) для забезпечення перерахування на цей рахунок коштів з електронного рахунку платника.

ГУ ДФС у Київській області